Python - Dicom medikal görüntülerin açılması (SimpleItk, Vtk, Pydicom)

Medical görüntülerin depolanması/saklanması için DICOM dosya formatı yaygın olarak kullanılmaktadır.  DICOM görüntüler hastane ve kliniklerdeki görüntüleme cihazlarından elde edilen görüntülerin kalitelerinin korunmasını sağlar ve görüntünün elde edilişine dair kesit aralığı, modalite, protokol adı gibi parametreleri de içerir. Bu yazımda dicom görüntülerin Python ile nasıl açılacağına/okunacağına dair bilgiler vereceğim.

SimpleItk ve Vtk kütüphaneleri medikal görüntülerin işlenmesi ve görselleştirilmesinde yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu kütüphaneler kullanılarak dicom(.dcm) görüntülerin Python ile nasıl okunduğuna dair kodları aşağıda bulabilirsiniz. Ayrıca SimpleItk ve Vtk kütüphanelerinin kurulumu ve Python ile nasıl kullanıldığına dair örnekler için aşağıdaki linkleri inceleyebilirsiniz.

SimpleItk - Connected Component algoritmasıyla segmentasyon

https://pyscience.wordpress.com/2014/10/19/image-segmentation-with-python-and-simpleitk/

VTK ile dicom görüntülerde 3 boyutlu görüntü oluşturma

https://pyscience.wordpress.com/2014/09/11/surface-extraction-creating-a-mesh-from-pixel-data-using-python-and-vtk/

Dicom görüntülerin farklı metotlarla açılması ;

1. yöntem SimpleItk yardımı ile dicom görüntüleri okunması

import SimpleITK pathDicom = 'dicom images folder/' reader = SimpleITK.ImageSeriesReader() filenamesDICOM = reader.GetGDCMSeriesFileNames(pathDicom) reader.SetFileNames(filenamesDICOM) ArrayDicom = reader.Execute() # to conbert numpy array ArrayDicom = SimpleITK.GetArrayFromImage(ArrayDicom)

2. yöntem, Vtk yardımı ile dicom görüntülerin okunması. Vtk kütüphanesi 3 boyutlu grafiksel işlemler gerçekleştirme, görüntü işleme ve görselleştirmeye imkan sağlayan birçok algoritma içerir.

  import vtk PathDicom = "dicom images folder/" reader = vtk.vtkDICOMImageReader() reader.SetDirectoryName(PathDicom) reader.Update()

3. yöntem  dicom kütüphanesi ile dicom görüntülerinin okunması. İlk iki yöntemde klasör içerisindeki tüm görüntüler birden okunup numpy array 'a atanırken, burada görüntüler tek tek okunuyor.

import vtk import dicom PathDicom = "dicom images folder/" lstFilesDCM = [] # create an empty list for dirName, subdirList, fileList in os.walk(pathDicom): for filename in fileList: if ".dcm" in filename.lower(): # check whether the file's DICOM lstFilesDCM.append(os.path.join(dirName,filename)) # Open first image im = dicom.read_file(lstFilesDCM[0])